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jnobuyukiのブログ

JavaScriptとR言語を中心に研究活動に役立つwebアプリケーション技術について考えていきます。twitter ID: @j_nobuyuki

Jupyter notebookでRを使う:2017年1月版

R R言語 python

今回は、以前紹介したjupyter notebookでRを使うための設定方法を再び紹介します。macを買ったので、新たに設定しようとしたところ以前とはだいぶやり方が違ったので、2017年1月版として紹介します。

今回のインストール環境

  • OS: macOS Sierra 10.12.2
  • python 3.5.2
  • R 3.3.2
  • jupyter 4.2.0

anacondaのインストールが便利

前回jupyterを設定したときは以下のように順番にインストールを進めました。

  • python 2.7.2のインストール
  • ezinstallパッケージのインストール
  • ezinsallを使ってpipのインストール
  • pipを使ってjupyterのインストール

今回はanacondaというpython用の環境構築パッケージをインストールするだけです。これでjupyterのインストールまでが済んでしまいます。以下のサイトからご自分のOSにあったものをダウンロードしてインストールできます。

Download Anaconda Now! | Continuum

Rで必要なパッケージをインストールします。

RguiかRStudioを起動して、以下の関数を実行しましょう。

install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools'))

最後にjupyterにR kernelを設定します。

あとはjupyterからR kernelを使えるように設定するだけですが、ここで1つだけ大事なポイントがあります。
以下のコードはRguiや RStudioからではなく、ターミナルから行ってください。そうしないとpythonがR kernelの位置を特定できないようです。
ターミナルでRのコードを実行する際には、最初にターミナルで大文字のRと入力します。するとターミナル内でRが起動しますので、以下のコードを実行してください。

devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
IRkernel::installspec()  

jupyter notebook with R kernelを起動

jupyter notebookを起動するにはターミナルで以下のコードを実行します。

jupyter notebook

これでいつも使っているブラウザが起動して、jupyter notebookのページが表示されるはずです。前回の設定のときに比べてとても簡単になりました。