jnobuyukiのブログ

JavaScriptとR言語を中心に研究活動に役立つwebアプリケーション技術について考えていきます。twitter ID: @j_nobuyuki

IPythonからJupyterへの移行とR用カーネルの導入

前回、ipython notebookをOSXに導入する方法をまとめました。webbeginner.hatenablog.com

そこでも少しだけ書いたのですが、ipythonはどんどん進化しており、python以外のプログラム言語も動くようになってきています。そこで今回はipythonからJupyterへの移行とR用のカーネルの導入方法をまとめます。

ipythonからjupyterへの移行

以下の手続きを順にやりました。

ipythonの更新

pip の--upgradeオプションで行いました。

sudo pip install  --upgrade ipython

R用のカーネルのインストール

homebrew

以下のウェブページでパッケージをダウンロードし、インストールしました。
Homebrew — OS X 用パッケージマネージャー

*** ZMQ
インストールしたhomebrewを経由してインストールしました。*1

brew install ZMQ
Rのパッケージのインストール

CRANを経由してインストールしたのはuuid, base64enc, evaluate, jsonliteの4つのパッケージです。

install.packages(c("uuid","base64enc","evaluate", "jsonlite"))

別のリポジトリからインストールしたのはIRkernel, IRdisplay, repr, rzmqの4つのパッケージです。

install.packages(c("rzmq","repr","IRkernel","IRdisplay"),
                 repos = c("http://irkernel.github.io/", getOption("repos")))
library(IRkernel)
installspec()
ターミナルでR用のカーネルをipythonに設定

最後に、ipythonにR用カーネルを設定します。

ipython qtconsole --kernel = ir

おまけ plot()がクラッシュすることへの対処

上記のインストールはうまくいったのですが、実際にRからplot()関数を実行させるとクラッシュしてしまいました。原因は私のmacX11.appがインストールされていなかったことに関係しているようです。

上記のページからX11をダウンロードしてインストールしたところ、plot()関数のエラーは見られませんでした。

*1:2015/11/25追記 usr/local/bin/のディレクトリが書き込み禁止になっていて、インストールがうまくいかないことがありました。書き込み制限を外すためにsudo chown -R `whoami`:admin /usr/local/binをターミナルで試したところ、うまくいきました。